Il s’agit d’un modèle d'épidémiologie végétale développé par Frédéric Fabre (INRA Unité Pathologie Végétale, Avignon).
Dans un contexte d'utilisation de gènes de résistance aux maladies virales dans les plantes cultivées on cherche des critères prédictifs de la durabilité des gènes de résistances. Il est nécessaire de hiérarchiser l’effet des nombreux facteurs pouvant potentiellement concourir à l’émergence de variants virulents. Nous proposons un modèle aléatoire construit à partir d'un système d'équations différentielles, permettant de quantifier l’effet des facteurs génétiques et épidémiologiques sur la durabilité des résistances. De plus, le modèle simule à deux échelles, hôte et parcelle, la dynamique démo-génétique au cours d’une épidémie.
Au total, 10 facteurs quantitatifs ou qualitatifs sont inclus dans le modèle :
(1) le nombre de mutations nécessaires au contournement,
(2) la nature de ces mutations (transitions ou transversions),
(3) le taux de mutation,
(4) le ratio taux de transitions sur taux de transversions,
(5) la vitesse de multiplication virale dans l’hôte,
(6) le coût de fitness associé aux mutations,
(7) le degré de ségrégation spatiale,
(8) la vitesse de développement de l’épidémie,
(9) le temps de latence de l’infection,
(10) le nombre de particules virales transmises à une plante saine.
Des analyses de sensibilité globale (méthodes Sobol et ANOVA) ont déjà été réalisées [Fabre et al. 2009].
Référence : Fabre, F., Bruchou, C., Palloix, A., & Moury, B. 2009. Key determinants of resistance durability to plant viruses: insights from a model linking within- and between-host dynamics. Virus Res., In press.