Séminaire optimisation - La Rochelle - du 4 au 6 novembre 2014.

au Résidence-club "La Fayette", Avenue de Bourgogne.

Document de restitution des discussions

Mardi 4/11

14h-14h30 intro - présentation (Stéphanie)

Session 1 méthodes d'optimisation de modèles complexes et applications (Rapporteur/animateur –Victor/Lauriane)

• 14h30-15h45 Cours Revue des méthodes d'optimisation et calage de modèles complexes (Rodolphe Le Riche)
• 15h45-16h15 : Pause
• 16h15-18h15 : Exposés d'expériences de modélisateurs
•  David Ojeda - Analyse et estimation d'un modèle de la stimulation vagale pour le traitement de la insuffisance cardiaque
• Audric Vigier - Calibration d'ISIS-Fish avec le Recuit simulé : choix des meta-paramètres et perrformances
• Diariétou Sambakhe - Définition d'un idéotype de sorgho d'après un modèle de culture

• 18h30-19h00 : discussion de synthese du comité d'organisation

• Dîner

 

Mercredi 5/11

Session 2 Métamodèle et stochasticité (Rapporteur/animateur – Stephanie/Hilaire)

• 8h30-10h30 Cours
• partie 1 (1h + 15mn) approche par méta-modèles (Victor)
• partie 2 (1/2h + 15mn) prise en compte de la stochasticité (Victor + Rodolphe)
• 10h30-11h00 Pause
• 11h00-12h30 : Exposés d'expériences de modélisateurs

• 12h30-14h repas

Session 3 optimisation multi-critères (Rapporteur/animateur – Nicolas/Sigrid)

• 14h-15h15 Cours Optimisation multi-objectifs - Dimo Brockhoff
• 15h15-15h45 Pause
• 15h45-17h45 : Exposés d'expériences de modélisateurs

• 18h00-18h30 : discussion de synthese du comité d'organisation

• 18h30-19h30 : Travaux Pratiques : optimisation multicritères d'un processus complexe de fermentation
• Dîner

Jeudi 6/11 ( Rapporteur/animateur – Tous)

• 8h30-9h00 discussion preparation du comité d'organisation

9h-12h30 Quelle(s) suite(s) à cet atelier ?

• 45' listes à la Prévert des souhaits de chacun
• un groupe « methodo »
• un groupe « thematiques »
• Mélange des groupes
• 45' construction des liaisons entre les attentes méthodologiques et thématiques
• deux groupes « methodo - thématique»
• 10h45-11h Pause
• 11h-12h30 synthèse – discussion comment on fait ? Rédaction dune lettre d'intention

• Déjeuner

 

 

 

Réunion de travail Mexico						Sète		6-8 juin 2011
Lieu	Ifremer, Station de Sète (Accès)
	Programme Pariticipants Résumé de ces journées
			Programme
Début :		Lundi, 6 juin 11h
Fin :		Mercredi 8 juin 16h30
Lundi
	11h00	12h30	Session Collective : introduction et point sur les projets
		40mn	Introduction : informations et point sur les projets MEXICO en cours
				- Séminaires 2011 (Indicateurs) et 2012 (Incertitudes?)
				- École chercheurs 2012
				- Projets ANR
		20mn	Point manuel (TD : liens avec la BAO)
		30mn	Point BAO
				- Point MTK	10mn (description de l'existant)				HR
				- Point MED	10mn (description de l'interface)				Nejdi
	12h30	14h00	Repas
	14h00	17h30	Sessions par groupe (Manuel & BAO)
	Groupe Manuel
		- Présentation des chapitres par leur auteur et discussion
		- Discussion générale (articulation, TD ...)
	Groupe BAO
		Description de MED							Nejdi
			- Diagramme de classe
			- MVC
			- Choix techniques
			- Démo de ce qui est fonctionnel
			- Discussions
		Récapitulatif détaillé de MTK
			- Présentation de MTK (Introduction, Conception et Achitecture)						HR
			-  Utilisation de MTK à  travers deux exemples:
				- utilisation à partit d'un fichier de spécification XML					(Juhui)
				- utilisation au sein d'une session R					(HR)
			- Discussions
				- Implémentation des tests					(?)
				- Production de reporting					(?)
				- Sérialisation des objets					(?)
				- Interface et intégration d'extension de nouvelles méthodes développées sous R					(?)
			- TP MTK						(?)
			– Installer les outils, le code et tester MTK
			– Bilan, discussions, construction du programme de mardi
Mardi
	8h30	12h30	Sessions par groupe (Manuel & BAO)
			- Suite des travaux par groupes
			- Préparation d'une synthèse à présenter en plénière
	12h30	14h00	Repas
	14h00	16h00	Restitution collective des travaux par groupe
			- Groupe Manuel (accent sur les TP)
			- Groupe BAO (présentations des questions et ajustements)						(HR?)
	16h30	17h30	Discussion générale sur l'avenir du réseau MEXICO
				- Projets et organisation - Copyright et Convention
				- Autres points
Mercredi
	8h30	12h30	Sessions par équipe (libre, en fonction de l'avancement des travaux)
		Ex :	- Séance TP : un statisticien implémente une méthode dans la BAO
			- Détail des TD de l'école chercheurs 2012 (lien avec le manuel)

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Participants		Mode Transport		Arrivée	Départ
Robert	Faivre	Voiture	(Toulouse)	Lundi matin	Mercredi après-midi (?)
Hervé	Monod	Train	(Paris-Sète)	Lundi 10h57	Mercredi 17h49
Juhui	Wang	Train	(Paris-Sète)	Lundi 12h12	Mercredi 14h57
Hervé	Richard	Voiture	(Avignon)	Lundi matin	Mercredi 16h30
Claude	Bruchou	idem	idem	idem	Mercredi après-midi (?)
Nejdi	El Arbi	Voiture	idem	idem	Mercredi après-midi (?)
Éric	Ramat	Train	(Calais-Sète)	Lundi matin	Mercredi 13h12
David	Makowski	A: Train  R: Avion	(Paris-Sète) (de Montpellier)	Lundi 10h57	Mardi 18h00
Bertrand	Iooss	Avion	+ loc.voiture	Lundi matin	Mardi matin (très tôt)
Stéphanie	Mahevas	Avion	+voiture JCS	Lundi 7h50 Montpellier	Mardi soir 20h50 Montpelleier
Benjamin	Poussin	idem	idem	idem	idem
Thierry	Faure	Train	(Clermont-Sète)	Lundi soir	Mercredi 15h43
Jean-Christophe	Soulié	Voiture	(Montpellier)	Lundi matin	Mercredi (?)
Lauriane	Rouan	idem	idem	idem	Mercredi (?)

Compte rendu des journées internes du réseau MEXICO à Sète

Discussion générale sur le positionnement du réseau

1. MEXICO est un réseau d'application-enseignement-formation plutôt que réseau méthodologique : les personnes présentes partagent à peu près ce constat, au moins en termes de visibilité, et émettent l'intérêt d'identifier des thèmes méthodologiques à creuser en commun.

   Il faudra également développer les encadrements de thèse sur les thèmes du réseau.

2. positionnement de MEXICO vis-à-vis du GDR Mascot-Num (en profitant de la présence de B. Iooss) :

   Il y a complémentarité entre les deux réseaux plutôt que concurrence : MascotNum est sur un positionnement plus méthodologique avec un public majoritairement statisticien. Il faut identifier et développer les synergies entre le groupe Environnement du GDR et MEXICO (avec déjà des projets communs, exemple Ecole-Chercheur 2013).

Prochain événement

Séminiare :

thème « Incertitudes »

lieu RP

organisateur : T. Faure (avec l'aide S.Mahévas)

Restitution des groupes de travail

groupe « MANUEL »

intitulé : Analyse de sensibilité et exploration de modèles, Applications aux modèles environnementaux

• réorganisation de la structure du livre. Voir la demande formulée aux éditions QUAE :

• Demande d'édition

• CV et publis des coordinateurs sur le thème

• Résumé et plan de l'ouvrage

• ajout du chapitre 9 : Boîte à Outils pour l’exploration de modèle – application à un modèle dynamique de population de mauvaises herbes (Hervé Richard, Juhui Wang, Benjamin Poussin, Jean-Christophe Soulié, Éric Ramat, Jean Couteau, Nicolas Dumoulin, David Makowski, 40p)

  => le groupe BAO doit rapidement fournir un plan de chapitre détaillé avec une répartition des charges de rédaction (coordonnateur David).

   

  L'ossature du chapitre peut être la suivante :

  • présentation de la BAO

    • Objectif,

    • Public visé

  • Concept détaillé

  • Exemple à partir des TP EC avec le modèle WEEDS

 

Calendrier Prévisionnel

• • Décembre 2010 → Version complète

  • mars 2012 → soumission de l'ouvrage

  • juin 2012   → École Chercheurs MEXICO adossée à l'ouvrage

                           → Soumission du manuscrit aux éditions QAE

  • décembre 2013 → publication

groupe « BAO »

La structure d'ensemble prend forme et dispose des possibilités d'introduire  des méthodes statistiques par tiers.
 

Rappel du schéma général (Benjamin)

 

• Simulateur ou plateforme de simulation

• autres: par exemple une méthode R lit des fichiers CSV pour en faire un dataframe décrivant les facteurs

• MED: Mexico ÉDiteur

• BAO: librairie MEXICO (mtk)

   

Étapes

1. La plateforme ou un autre outil génèrent l'ensemble du modèle ainsi que l'ensemble des facteurs pour lesquels le modèle est conçu (fichier XML Facteurs et const)

2. L'éditeur MED permet d'aider l'utilisateur à définir les facteurs qui vont variés, la manière dont se fera la variation (en choisissant la loi du distribution qu'ils suivront)

   Ceci se fait soit à partir de ces spécifications des facteurs donnés par les plateformes, soit directement par création « manuelle ».

3. L'utilisateur défini ensuite comment appeler le simulateur et comment analyser les résultats (génération du fichier XML Facteurs + workflow)

4. La BAO génère l'ensemble des runs (fichier XML / run) et les envoie au simulateur qui retourne les résultats.

5. Lorsque tous les runs ont été effectués, la BAO analyse les résultats.

Proposition d'une démarche pour ajouter une nouvelle méthode

Le but de ce présentation était de montrer l'état d'avancement de la réflexion sur les moyens à mettre à disposition pour les statisticiens qui souhaitent introduire de nouvelles méthodes d'analyses des modèles.

Un débat s'en est suivi sur la façon de définir le lancement de simulateur au sein du fichier XML de spécification

• soit selon la norme utilisée dans la communauté   XML (voir l'exemple de WEEDS)

• soit via une syntaxe de type URI qui est connue de la communauté Web Services

  L'idée étant de garder à la fois la possibilité d'échanger avec des plateformes distantes et de faciliter les utilisations locales.

On a privilégié la première solution pour ne pas mélanger les métiers tout en retenant  la 2ème  comme solution de réalisation: un parser de la BAO lit le fichier XML correspondant et le convertir en URI lors de l'appel.

La matinée de mercredi a été consacrée à la réalisation d'un test en situation réelle : à partir d'une méthode codée par Robert, on a  montré comment l'intégrer dans la BAO.

Ce test a permis de valider le concept ainsi que d'identifier les parties que nous devrons encapsuler pour un maximum de transparence.

 

Présentation de MED (Nejdi)

L'objectif principal de MED est de fournir un moyen pratique aux utilisateurs qui souhaitent explorer leur modèle. Il permet de simplifier les spécifications des plans d'expérience à mettre en œuvre ainsi que les méthodes utilisées pour les analyses statistiques.

Par souci de commodité, les lois et méthodes sont prédéfinies dans l'outil (avec possibilité de mise à jour de la liste).

Pour construire cette liste nous nous appuierons sur l'outil développé par Thierry qui « fouille » R et extrait les noms des fonctions correspondantes aux lois dans un package R donné avec les paramètres nécessaires à leur appel.

 

premières réflexions sur le reporting

informations attendues :

• données factuelle sur l'expérimentation

  • graine,

  • temps de calculs

  • …

• Descriptions des facteurs

• Descriptions des méthodes

• analyses de base (~ summary, plot, ...)

 

l'ensemble de ces travaux ont permis de réactualiser une feuille de route concernant les objectifs techniques de la BAO.

En 2010, le réseau MEXICO a été associé à l'organisation des journées annuelles du GDR Mascot-Num à Avignon.

Réunion des 1 et 2 février 2010, Besse.

Participants :

Isabelle Alvarez, Stéphane Couture, Guillaume Deffuant, Robert Faivre, Thierry Faure, Frédérick Garcia, Stéphanie Mahévas, David Makowski, Hervé Monod, Jean-Christophe Soulié, Ronan Trépos.

Programme :

Discussions autour de quatre présentations de

1. David Makowki : Digest sur l'analyse de sensibilité et d'incertitude
2. Frédérick Garcia : L'optimisation par Simulation et Apprentissage par Renforcement
3. Guillaume Deffuant : Les perspectives autour du RNSC.
4. Isabelle Alvarez : La viabilité et le contrôle des procédés alimentaires.

 

 Thème : Modélisation intégrative et exploration numérique

La modélisation intégrative prend en compte différentes dimensions d'un système dynamique. Le terme dimension est ici très général. Il englobe aussi bien les échelles de temps et d'espace que les différentes disciplines qui s'adressent au même système (par exemple une plante peut être modélisée du point de vue de la physiologie, de l'écologie et de l'économie). Ces types de modèles, qualifiés également d'hétérogènes, posent trois difficultés classiques :

• Explosion du nombre de paramètre,
• Interactions complexes des paramètres,
• Valeurs inconnues de paramètre.

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Suite au désistement d'une grande partie des orateurs, les journées des 3 et 4 décembre 2008 sont annulées (pour sa partie publique).

Elles seront reconduites en 2009 à une date qui reste à déterminer.

Thème : analyse de sensibilité pour des problématiques spatiales

 

Programme du jeudi 5 juin 2008

13h30-14H15

• Hélène Mathian (UMR GéoCités) "Questions d'échelles relatives à la modélisation d'objets géographiques : le MAUP et la validation multi-échelle; l'exemple d'Eurosim"

14H15-15H00

• Pascal Monestiez (BioSP INRA Avignon) "Géostatistique et dimensions croissantes"

15H00-15H30

• Pierre Petitgas(IFREMER EMH) "Modélisation de la distribution verticale des œufs de poissons: analyse de sensibilité et retour sur les mécanismes"

15H30-16H30

Franck Dumas (Ifremer) "Prise en compte des incertitudes dans les prédictions réalisées avec le modèle MARS3D"

16H30-16H45 : PAUSE

16H45-17H00

• Amandine Lurette (UMR BioEpAR, INRA/ENVN, Nantes), Suzanne touzeau (UR

MIA, Jouy-en-Josas), Matieyendou Lamboni (UR MIA, Jouy-en-Josas) et Hervé Monod (UR MIA, Jouy-en-Josas) "Une analyse de sensibilité pour identifier les paramètres contribuant le plus à la dynamique d'infection des salmonelles au sein d'une bande de porcs"

17H00-17H30

• Pauline Ezanno et al. (UMR BioEpAR, INRA/ENVN, Nantes) "Propagation et contrôle d'un agent pathogène infectieux dans une

population dynamique complexe"

17H30-18H00

• Agnès Calonnec (Santé Végétale, INRA Bordeaux) "Modèle 3D de la dynamique spatio-temporelle d'épidémie d'Oïdium de la vigne"

18H00-18H30

• Table ronde : "Appréhender la complexité de la modélisation spatiale : questions et contraintes scientifiques et informatiques"

animation : Thierry Faure, Stéphanie Mahévas, Benjamin Poussin, Eric Ramat

18H30

• Fin de la session

 

Thème : journées de la modélisation du Cemagref

 

 

Programme

 

Lundi 26 Novembre 2007

 

10:00 – 10:45	Accueil
Séance plénière (modérateur G. Deffuant) Amphi Engref
10:45 – 11:00	Introduction	Pierrick GIVONE, Directeur scientifique adjoint
11:00 – 12:00	Impact des Grilles de calcul sur les simulations stochastiques Impact of grid computing on stochastic simulations	D. HILL, Université Blaise Pascal, LIMOS
12:00 – 12:30	Quelle pratique du calcul haute performance au Cemagref ?	G. BONNET, Direction Scientifique
Repas (salle de Conférences au Rez-de-chaussée 12:30 - 14:00)

 

 

En sessions l'après-midi, à partir de 14 h :

 

Session 1 (modérateur: V. Abt) Amphi Engref
14:00 - 14:30	Analyse multicritère pour la hiérarchisation de tronçons d'assainissement, dans le cadre d'une gestion patrimoniale	A. NAFI
14:30 - 15:00	Les systèmes d'inférence floue : un outil de modélisation alternatif	S. GUILLAUME
15:00 - 15:30	Prise en compte de la structure phylogénétique des communautés dans l'inférence des paramètres de la théorie neutraliste de la biodiversité	F. JABOT
15:30 - 16:00	Décrire les résultats de nombreuses simulations : quelques considérations de robustesse et comparaison de méthodes	I. ALVAREZ
Session 2 (modérateur: E. Maillé) salle Aydat
14:00 - 14:30	Modélisation participative pour la co-gestion inondations-sécheresse en Bulgarie - place de l'ingénierie de connaissances	N. FERRAND
14:30 - 15:00	Simuler la solidarité dans des situations de partage des ressources	G. ABRAMI
15:00 - 15:30	Intégration des modèles pour permettre la discussion entre disciplines	N. TURPIN
15:30 - 16:00	La simulation d'un modèle de formation de stratégies pour évaluer ex ante l'impact des politiques publiques : une forme d'aide à la gouvernance territoriale	J. P. BOUSSET
Pause (cafétéria au Rez-de-chaussée 16:00 - 16:30)
Session 3 (modérateur: N. Turpin) Amphi Engref
16:30 - 17:00	Viabilité et résilience de la diversité linguistique: une étude à partir du modèle d'Abrams-Strogatz	C.BERNARD,
17:00 - 17:30	Séparateur à vaste marge : une méthode à noyaux pour la discrimination	G. LOOSLI
17:30 -18:00	Eutrophisation des lacs : utiliser la résilience pour définir des politiques d'actions durables	L. CHAPEL
Session 4 (modérateur: N. Ferrand) salle Aydat
16:30 - 17:00	Simulation de dynamiques spatiales complexes par intégration de modèles disciplinaires. Application à la modélisation de la dynamique du risque d'incendie de forêt	E. MAILLE
17:00 - 17:30	Outils pour représenter le temps dans la décision agronomique : Processus, Automates et logiques modales	F.HERNANDEZ, B.LEGER
17:30 -18:00	De l'intérêt des modèles semi-formels pour l'expression des besoins métiers dans le secteur agricole	V. ABT

 

Diner

Mardi 27 Novembre 2007

 

Séance plénière (modérateur: G. Deffuant) Amphi Engref
09:00 – 10:00	Approches multi-échelles dans la modélisation des systèmes complexes	Annick LESNE, CNRS-IHES
Pause (cafétéria au Rez-de-chaussée 10:00 - 10:30)

 

En sessions, à partir de 10 h :

 

Session 5 (modérateur: S. Guillaume) Amphi Engref
10:30 - 11:00	Modélisation des écoulements diphasiques et des variations de température dans une décharge-bioréacteur	S. GHOLAMIFARD
11:00 - 11:30	Modélisation d'écoulements granulaires secs sous l'action de la force centrifuge	F. RIOUAL
11:30 - 12:00	Modèles individus-centrés pour l'étude des biofilms microbiens : construction, vérification et exploitation	N. MABROUK
12:00 - 12:30	Etude du détachement de biofilms par un modèle d'intéraction fluide/structure	JD. MATHIAS
Session 6 (modérateur: G. Bonnet) salle Aydat
10:00 - 10:30	Utilisation de la plate-forme LIQUID pour modéliser l'influence d'aménagements hydro-agricoles sur l'hydrologie d'un petit bassin versant	I. BRAUD
11:00 - 11:30	Modélisation, couplage, intégration spatiale au sein de la plateforme LIQUID, de processus hydrologiques dans les bassins versants drainés	Y. NEDELEC
11:30 - 12:00	Prise en compte des hétérogénéités des surfaces continentales dans la modélisation hydrologique de bassin versant. Apport de la plate-forme de modélisation LIQUID	J. DEHOTIN
12:00 - 12:30	Approximation distribuée du transfert dans un cours d'eau avec débit latéral	S. MUNIER
Repas (salle de Conférences au Rez-de-chaussée 12:30 - 14:00)
En sessions, à partir de 14 h :
Session 7 (modérateur: H. Monod) Amphi Engref
14:00 - 14:30	Présentation d'information sur le réseau MEXICO, Méthodes pour l'EXploration Informatique des modèles COmplexes . Ce réseau est animé par des chercheurs du département de Mathématiques et Informatique Appliquées de l'INRA, il regroupe des scientifiques de divers organismes tels que le CEMAGREF (LISC), l'IFREMER (EMH), l'Université de Toulouse (IRIT), l'université du Littoral (LIL), etc.	R. FAIVRE, INRA
14:30- 15:00	Un exemple d'exploration de modèle complexe : Exploration numérique d'un modèle de simulation de pêcheries complexes	S. MAHEVAS, IFREMER
15:00 - 15:30	Le formalisme DEVS et la plate-forme RECORD	E. RAMAT, Université du littoral
16:00 - 16:30	Plans d'expériences, Plans pour expériences numériques	J.P. GAUCHI, INRA
16:30 - 17:00	SimExplorer, un outil pour explorer les modèles	T. FAURE, N. DUMOULIN
Session 8 (modérateur: J.P. Bousset) salle Aydat
14:00 - 14:30	Vers une méthode pour la maîtrise de la sécurité des barrages basée sur le diagnostic multi modèles de systèmes dynamiques	E. MASSE
14:30 - 15:00	Modélisation spatio-temporelle de la qualité de l’habitat du Tétras-Lyre dans un contexte d’envahissement des alpages par l’aulne vert : vers un outil opérationnel pour la gestion conservatoire	P. DELCROS
15:00 - 15:30	Modélisation multi-physique de la cuisson du pain: simulation numérique et enseignements technologiques	D. GRENIER
Pause (cafétéria au Rez-de-chaussée 15:30 - 16:00)
17:00 - 17:30	Discussion - Conclusion des journées

 

Thème : Apprentissage et Modèles

 

Programme Jeudi 7 Juin 2007

• 13h30 : introduction sur le réseau, les groupes, ...
• 14h00 - 15h30 : Apprentissage et Modèles : Marie-Odile Cordier, Renan Trépos (IRISA, Rennes)
• 15h30 - 16h00 : pause
• 16h00 - 16h45 : Optimisation par simulation : Fréd. Garcia, Olivier Crespo (BIA, Toulouse)
• 16h45 - 17h15 : SVM et noyau de viabilité : Guillaune Deffuant (LISC, Clermont-Ferrand)
• 17h15 - 17h45 : algorithme évolutionnaire pour la paramétrisation d'un modèle stochastique (Raphael Duboz, IRD Sète)
• 17h45 - 18h00 : discussion finale

 

Lundi 23 octobre

11h-13h Informations sur le réseau depuis juin

• point sur l'ordre du jour
• infos générales sur la vie du réseau: projet page d'accueil, groupe
• de travail "Structuration des données"
• autres infos à partager (stages, thèses, autres réseaux, etc.)

12h45-14h15 Repas

14h15-18h00 Session Plans d'expériences (Les collègues de MIA Jouy sont invités à assister aux exposés).

• 14h15 Stéphanie Mahévas : Plans d'expériences pour l'analyse de sensibilité applications à l'IFREMER
• 14h55 André Kobilinsky : Introduction aux plans d'expériences factoriels fractionnaires
• 15h35 Hervé Monod : Plans d'expériences et d'échantillonnage pour l'analyse de sensibilité*16h15 Pause
• 16h40 Frédéric Amblard : Algorithme pour l'exploration séquentielle de l'espace des paramètres
• 17h20 Claude Bruchou : Echantillonnage pour l'analyse de sensibilité globale

Mardi 24 octobre

• 8h30-9h45 Retour sur la session Plans d'expériences : suites à donner
• 9h45-10h15 Pause
• 10h15-11h45 Vie du réseau
• relations avec d'autres réseaux
• projet d'école-chercheur et autres animations vers l'extérieur du groupe
• 11h45-13h Repas
• 13h--14h30 Vie du réseau (suite)
• décisions pour la suite (prochaine réunion, groupes de travail,, etc.)

le compte rendu

Participants

• Isabelle Alvarez Cemagref-LISC Clermont-Fermand
• Frédéric Amblard Université Toulouse I
• Franck Aries INRA, MIA Avignon
• Claude Bruchou INRA, MIA Avignon
• Guillaume Déffuant Cemagref-LISC Clermont-Ferrand
• Raphaël Duboz IRD – Séte
• Nicolas Dumoulin Cemagref-LISC Clermond-Ferrand
• Gaël Dur Université des Sciences et Technologies de Lille
• Robert Faivre INRA, MIA Toulouse
• Thierry Faure Cemagref-LISC Clermond-Ferrand
• Vincent Ginot, INRA MIA Avignon
• Stéphanie Mahevas IFREMER Nantes
• David Makowski INRA E&A, Grignon et MIA Jouy
• Hervé Monod INRA, MIA Jouy
• Éric Ramat Université du Littoral Lille
• Hervé Richard INRA, MIA Avignon
• Jean-Christophe Soulié Université du Littoral Lille

Lundi 23 octobre

Préambule

11h30 rapide tour de table pour présentation des participants

Informations Générales

• exploration du paquet RXML

(format d'échange de données ; Hervé R.): package intéressant mais nécessite un peu de connaissance sur la programmation de R. Des tests sont en cours pour lire des gros volumes de données issues de simulations et formatés avec une grammaire XML. Il s'agit de voir comment se manipulent les grosses quantités de données.

• Remarque d'Eric et de Raphaël : il faut absolument avancer sur ce thème => Construire un groupe de travail sur la structuration des données.
• Thierry propose de voir « Trac », un outil de gestion de projet (mini G-Forge)

• le Site web
• Offrir rapidement un minimum
• Il nous faut rapidement une visibilité du réseau

• Le point sur le GIS "systèmes complexes" en cours de montage (Vincent)

GIS pour l'instant INRA/INSERM/CNRS mais auquel les autres EPST pourraient participer. On en est à la mise en place d'une feuille de route. Pour cela, les chercheurs de tous horizons sont librement invités à proposer des champs thématiques, des projets, ou des grands défis. Nous avons proposé la thématique computer experiments et inscrit le réseau dans la liste des projets en cours. La prochaine étape sera Les entretiens de Cargèse du 20 au 25 novembre où seront débattus les grands thèmes proposés. Nous serons en principe représentés par Robert, Guillaume et Vincent. Il est d'ors et déjà possible d'ouvrir les débats sur les forum associés à ces grands champs. http://complexsystems.lri.fr/RNSC/tiki-index.php?page=Cargese

Nom du réseau

• RENMAN Réseau Expérimentation Numérique des Modèles pour leur Analyse et leur Nutilisation (suggestionRF)
• ENAURM Expérimentation Numérique pour l'Analyse et l'Utilisation Raisonnée des Modèles (RF).
• OSIRIX Outils Statistiques et Informatiques pour l'exploRatIon des modèles compleXes (DM).
• PLAISIR
• REX
• RELOOC Reseau expLoration mOdèles ...
• REMARC
• AMI
• REMIX
• MENM Méthodes d'exploration numériques des modèles
• AXIOM Analyse et exploration numérique des modèles complexes
• MEXICO Méthode pour l'EXploration Informatique des modèles COmplexes
• ENAMO Exploration numérique et analyse des modèles

Mots clès

exploration réseau numérique plan d'expérience modèles indicateur analyse méthode

le nom du réseau In Fine

après une nouvelle discussion et vote le mardi AM le nom de MEXICO est retenu ! Il présente 
 cependant l'inconvénient de ne pas contenir le mot modèle. On pourrait imaginer le tordre en 
 MEXmICO par exemple, mais on s'éloigne de la sonorité originale.
 Il faut maintenant trouver un logo !

Exposés de l'après-midi

Cf programme. Sauf contre-indication de l'orateur, les transparents seront en principe stockés sur le site, et accessibles aux membres du réseau (à faire).

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Fin de la première journée

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Mardi 24 octobre

Les plans d'expérience: la suite à donner

L'idée est toujours d'identifier les verrous méthodologiques et d'aller vers de l'opérationnel.

Aspects méthodos

• Remarque de Guillaume : Il y a différentes utilisations des plans d'expérience. Il ne faut pas les dissocier de leurs objectifs (robustesse par rapport au modèle, robustesse par rapport aux objectifs). ==> le réseau peut (doit ?) proposer des indications par rapport à cette démarche.

Continuer de faire le point sur ce qui existe et sur les tests réalisés pour connaître l'état de l'art.

• Robert : Faire un article synthétique = matière très vendable.
• David : oui, mais trouver un axe original (revue logicielle par ex. ?) car il y a déjà beaucoup de choses faites.
• Stéphanie : utilisation sur des cas concrets pour balayer plusieurs modèles et pouvoir proposer des démarches dans une synthèse.
• David : regarder les numéros spéciaux de Sensibility Analisys of Models Output (RESS) pour voir ce qui existe ou pas.
• Stéphanie : propose un thème style « la sensibilité à quoi cela sert ? ».

Idée soutenue par David qui a ce pb également dans les modèles agronomiques. Pb de seuil d'identifiablité qu'on ne détecte pas, pb du multivariable et sur quelles décisions pratiques cela débouche ? il y a un trou méthodo bloquant ...

• Hervé M : D'accord pour commencer à échanger mais réticent sur la rédaction d'une revue (trop de boulot). Réunir la matière dans un premier temps. Faire un bilan des modèles.

==> nécessite de le préparer : Stéphanie prend en charge cet aspect

Conclusion méthodo  le groupe est d'accord pour continuer à creuser la biblio ainsi que la pratique 
 et aller à terme vers un article de synthèse. Stéphanie se charge de nous stimuler 
 sur ce thème (vers un groupe de travail Synthèse Biblio / outils.

Autre Q à instruire (Stéphanie) : selon les cas on peut faire ou non de nombreuses simulations. Si on est limité, comment fait-on, faut-il passer par un méta-modèle empirique ? Un thème donc à explorer : le méta-modèle ou émulateur de modèle. Pose au passage le pb de la calibration des modèles (autre défi)… Remarque de Robert : Faire un fond commun documentaire (citer les ressources)

Aspects opérationnels

• Guillaume fait le point sur le développement de SimExplorer. Financement de 100 K€ pour sous-traiter le dev et lancer un post-doc sur le codage des Plan d'exp. Projet sur un an, qui sera suivi par un projet européen en bonne position actuellement.
• Thierry propose de mettre en place une bibliothèque de plan d'exp et de modèle pour baliser les différents cas. L'idée est que les modules de plans soient indépendants, et puissent être utilisés par toutes les plates-formes de simulation qui le souhaitent, à commencer bien sûr par celles développées par les membres du réseau. Problème du langage de la plateforme. Pour la stat il vaut mieux utiliser R quand c'est possible.

Ce qui impliquerait un format d'échange. Dans SimExplorer, l'idée est de ne pas figer de syntaxe mais d'avoir des wrappers selon les besoins d'imports.

• Éric : toute la chaîne existe dans VLE mais il faut une structuration XML, c'est-à-dire qu'on se donne un format (échéance d'un mois)

Visiblement deux approches : SimExplorer veut pouvoir recevoir tout les formats via un wrapper. VLE utilise un descriptif spécifique.

• Thierry rappelle que l'important est moins le choix du support, que l'information sur la donnée (la méta-donnée). Concernant les méta-données voir EML (Ecological Modling Language) par ex.

Info (de Robert ?) : le module "CEA" d'analyses d'incertitudes sous R serait visiblement sorti. Il faudra voir ce qu'il a dans le ventre…

Conclusion opérationnelle décision de créer un groupe de Travail Format d'échange / méta-données
 avec Avignon (Hervé, Vincent), Calais (Jean-Christophe, Eric), Clermont (Thierry Nicolas)
 + un représentant de chez Stéphanie (Penjamin poussin Privé).
 Objectifs faire des propositions d'ici fin Novembre ; démarrer par les formats d'échanges 
 pour les plans d'expériences, à priori plus simples que les formats de sorties de simulations.
==> Première réunion le 17 novembre à l'INRA Paris (animation HR).

Opportunité de créer un groupe de travail spécifique sur la programmation des modules de plans
d'expérience ? (ce qui est plus large que juste la question des formats).

Les stages, le travail du réseau (à faire, en cours ou rêvé)

Éric et Jean-Christophe

• 6 étudiants sur une approche service Web
• outils aVLE, 4 étudiants qui bossent sur le dev (interface + R)
• 2 étudiants intégration Grass (SIG domaine publique)
• Commencer à intégrer les plans d'expérience dans VLE
• Aspect « optimisation » (intégration de l'algo PBIL)
• Remarque 1 : vous pouvez soumettre des propositions aux étudiants de Master Pro II. Ils disposent de 16 semaines en M1, 20 en M2. Début au 1er avril.
• Remarque 2 : Gauthier est à la recherche d'un Post-doc

HervéR

• poursuivre Format de donnée
• ouverture du site web (ou :et wiki ou CMS)

David

3 projets en analyse de sensibilité

• Thésard grignon. Filtrage d'un modèle de culture dynamique. Corriger les variables de modélisation en cours de culture. Thèse d'appli des méthodes stat. fin mi 2007.
• Projet ANR PICSEL (appel d'offre jeune chercheur). Prise en Compte de l'incertitude dans la problématique de la sélection de modèles.
• Thèse qui démarre (MIA/EA) en analyse de sensibilité pour des données spatio-temporelles. Lien avec la problématique de la calibration.

Gaël Dur

Cas d'application : thèse en cours sur la modélisation du comportement du copépode

Raphael Duboz

travail en cours d'un modèle de peuplement dans un estuaire, ainsi que sur l'albatros ?

• Travail en cours de calibration par filtration Kalman (recrutement de Blaise Faugéras).
• Cherche stagiaire (post-doc ?) pour construire des plans d'expérience.

Guillaume, Thierry et Nicolas

• Ont un poste CR ouvert début 2007 : modélisation / émulation de modèles
• Recherchent un Post doc profil exploration des modèles.
• Ont des sous pour de la sous-traitance sur ce thème
• Devraient beaucoup avancer sur le thème Sim-Explorer cette année !
• 3 thèses en principe en 2007. Théorie de la viabilité (via les Supports Vecteurs Machine) avec IRD, modèle économique d'exploitation forestière à Madagascar.

Isabelle

propose un stage « Catégoriser des trajectoires »

Vincent

• Stage M2 proposé sur l'utilisation d'un méta-modèle géostatistique (émulation) dans une optique de calibration.
• En cours de négociation, accueil d'un CR (Olivier Martin) pour en principe au moins un an. Thème de recherche : comment traiter des sorties vectorielles (distributions) par une approche fonctionnelle ? Catégorisation, comparaisons.
• Projet de thèse avec le département Santé Animale sur les épidémies de fièvre "Q" dans les élevages bovins. Questions d'AS et d'analyses d'incertitude mais également de choix de modèle dans le "continuum" IBM, markovien, matriciel, EDO.
• Projet de thèse avec le département Santé Animale sur les épidémies de fièvre "Q" dans les élevages bovins. Questions d'AS et d'analyses d'incertitude mais également de choix de modèle dans le "continuum" IBM, markovien, matriciel, EDO.
• Stages : module d'édition WISIWIG d'expressions mathématiques pour utilisation dans un environnement de construction de modèles (Mobidyc). Une version Java existe mais serait à améliorer. Une version Smalltalk est souhaitée.

Stéphanie

• Stage 1 : faire de l'AS et du diagnostique pour une pêcherie pélagique sous ISIS-Fish
• Stage 2 : calibration : estimer les paramètres d'accessibilité du poisson à différentes échelles spatiales et temporelles. Ont démarré par une approche simplex. Difficulté : coûts des simulations. A des sous, cherche de bons candidats.
• projet thèse fin 2007 : Analyse sensibilité, exploration de l'espace de paramètres dans ISIS-Fish. Recherche co-tutelle statistique / méthodologie

Claude

Franck

Poursuite de ses travaux sur la géométrie algorithmique, en passant à des modèles comprenant 5 facteurs.

Robert

• Biblio sur l'émulation de modèles (en particulier, travaux de O'Hagan)
• Travailler sur les liaisons multidimensionnelles entre paramètres et sorties

Hervé M

• En cours : Thèse AS pour des modèles flux de gènes dans les parcellaires (question du chgmt d'échelle)
• Creuser les méthodes de construction de plans hybrides

Fred

• Analyse de sensibilité sur modèle sur réseau
• Cherche stagiaire pour poursuivre le travail sur les algo d'exploration de l'espace des paramètres par segmentation de l'espace.

Agenda

Prochaine réunion Fev 2007 à Toulouse autour du thème informatique / Opimisation / Contrôle optimal / Calibration

Actions de promotion

(à l'odj de la prochaine réunion)

• École chercheurs ou formations
• journées thématiques

propositions du CEMAGREF de se "greffer" sur leurs journées modélisations

Conclusions

La formule de fonctionnement choisie - 3 grosses ½ journées sur 2 jours, avec exposés autour d'une thématique - avec si possible implication des collègues du lieu d'accueil, puis discussions plus opérationnelles a été appréciée. Elle sera reprise Toulouse et a Clermont. Démarrage de Groupes de travail :

• formats des données avec Thierry Faure,Nicolas Dumoulin, Benjamin Poussin (via Stéphanie), Éric Ramat, Jean-Christophe Soulié, Vincent Ginot Hervé Richard (animateur) 1er RV le 17 novembre.
• Stéphanie nous stimule sur le thème de l'AS